Фамилия Апетнакян — армянская по происхождению, и её разбор стоит начать не с корня, а с модели образования. Типичный армянский суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает принадлежность к роду или происхождение: буквально «из дома такого-то» или «потомок такого-то». В русской передаче фамилий советского периода окончание часто упрощалось до -ян, хотя в диаспоре встречаются варианты с -янц. Апетнакян, таким образом, — это «потомок Апетнака».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Апетнак. Оно составное и редкое. Первая часть, «Апет», — это армянская форма имени Авдей или Авдий, восходящего к древнееврейскому «Овадья» — «слуга Бога». В армянском языке звук «в» в начале слова часто переходил в «п» (ср. Аветис — от того же корня, но с сохранением «в»). Вторая часть, «-нак», — уменьшительно-ласкательный суффикс, распространённый в армянских именах (ср. Ваагнак, Геворгнак). То есть Апетнак — это не полное имя, а домашняя, ласковая форма от Апет: что-то вроде «маленький Авдей» или «Авдейка».

Географически фамилия тяготеет к исторической Западной Армении, особенно к regionу Вана и окрестностям. После геноцида 1915 года носители фамилии рассеялись по диаспоре — в Сирии, Ливане, Франции и США. В России и странах бывшего СССР Апетнакян встречается редко, в основном среди потомков репатриантов или беженцев.

Социальный контекст фамилии не указывает на знатное происхождение: суффикс -нак и форма имени говорят скорее о крестьянской или ремесленной среде. В армянской ономастике фамилии на -ян не были признаком аристократии (в отличие от -уни или -енц у княжеских родов). Апетнакян — фамилия «человека из народа», чей предок носил простое, но тёплое прозвище.

Однокоренных фамилий в армянском языке несколько: Апетян (от полной формы имени), Апетнакянц (старая орфография), а также Аветисян — от той же библейской основы, но через греческое посредство. Сравнение с ними помогает понять, что Апетнакян — более архаичная и локальная форма, сохранившая уменьшительный суффикс, который в других вариантах утрачен.