Фамилия Апхтин — редкий случай, когда написание сильно расходится с произношением. Если произнести её вслух, скорее всего услышишь «Афтин», но на письме закрепилась буква «х». Это ключ к разгадке: в основе лежит не слово «аптека», а прозвище Апхта — искажённое, просторечное произношение имени Абдул или Авдей.

Скорее всего, исходное имя — Авдей. В южнорусских и украинских говорах «в» перед глухими согласными часто переходило в «ф» или выпадало, а «д» в безударном положении оглушалось до «т». Схема такая: Авдей → Афтей → Апхтей. Прозвище Апхта (с усечением окончания) дали человеку, которого в быту звали не полным именем, а сокращённо и на местный лад. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Апхтин», то есть потомок Апхты.

Другая, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «апх» (охотник, ловчий) или с кавказским именем Апх (например, у абхазов). Но тогда фамилия должна была сохранить ударение на первом слоге и писаться через «пх» без оглушения. В русской среде такое написание — архаичное и редкое, что говорит о давнем заимствовании и обрусении.

Географически фамилия почти не встречается за пределами бывшей Российской империи. По данным переписей, единичные носители жили в Курской и Воронежской губерниях — как раз в зоне смешения украинских и южнорусских говоров, где оглушение «в» и «д» было нормой. Сословно это могли быть крестьяне или однодворцы, реже — мещане.

Сравни с однокоренными: Афтин, Афонин, Авдеев. Апхтин стоит особняком — он сохранил нестандартную фонетику XIX века, которую потом закрепили в паспорте. Сегодня это фамилия-ископаемое: её не переделали в благозвучную форму, а оставили как есть, что и делает её уникальной.