Фамилия Аполенис — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует осторожности. С первого взгляда бросается в глаза нетипичное для восточнославянских фамилий окончание -ис. Это почти наверняка указывает на литовское или латышское происхождение: суффикс -ис (лит. -is, латыш. -is) в балтийских языках образует фамилии со значением принадлежности или происхождения, примерно как русское -ов/-ев. Таким образом, Аполенис — не русская, а балтийская фамилия, попавшая в русский контекст, скорее всего, через миграцию или присоединение западных губерний Российской империи.

Основа фамилии — Аполен. Здесь возможны две версии, и обе не противоречат друг другу. Первая: это вариант личного имени Аполлон (от греческого Аполлон, бога света и искусств), широко распространённого у литовцев и латышей в католической традиции. В таком случае Аполенис — «сын или потомок Аполлона», то есть отчество. Вторая версия: основа восходит к литовскому слову apolas — «яблоко» (ср. лит. obuolys). В балтийской антропонимике прозвища, связанные с плодовыми деревьями, встречаются, и Аполенис могло означать «яблочный» или «тот, кто связан с яблоней». Вторая гипотеза менее вероятна, так как фамилии от названий фруктов в Литве и Латвии редки, а от имени Аполлон — более типичны.

В Российской империи фамилии на -ис, особенно после реформ XIX века, фиксировались у литовского и латышского крестьянства, а также у мелкой шляхты. Носитель фамилии Аполенис мог быть крестьянином из Ковенской, Виленской или Курляндской губерний, чья семья позже переехала в центральные регионы. В современной России фамилия встречается единично, что подтверждает её узкое географическое происхождение и отсутствие массовой миграции в советское время. Спор между версиями «от имени» и «от яблока» решается в пользу первой: балтийские фамилии от христианских имён — массовое явление, а бытовые прозвища редко закреплялись в форме на -ис.