Фамилия Аптауова, скорее всего, женская форма фамилии Аптауов. Её основа — не славянская, а тюркская, что сразу указывает на вероятное происхождение носителей из народов Поволжья, Приуралья или Средней Азии. Типичный для этих регионов суффикс -ов/-ев, присоединённый к тюркскому корню, говорит о том, что фамилия оформилась в русской языковой среде, но её корни уходят в кочевые или оседлые тюркские племена.

Разбираем корень «Аптау». Наиболее правдоподобная версия возводит его к мужскому личному имени Аптау. В казахском, башкирском и татарском языках имя «Аптау» могло произойти от арабского «абд» (слуга, раб) в сочетании с «Аллах» (Абдаллах — «раб Аллаха»), но в местном произношении претерпело сокращение и адаптацию. Однако есть и другая, более бытовая гипотеза: «аптау» (или «аптаулы») в некоторых тюркских говорах означало «неповоротливый», «медлительный» или даже «увалень». В таком случае фамилия образована от прозвища, которое давали человеку за характер или телосложение.

Модель образования фамилии проста: к основе «Аптау» добавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюркских фамилиях означает «сын такого-то» (Аптауов — сын Аптау). Женская форма Аптауова, соответственно, — дочь или жена Аптауова. В русской традиции фамилия закрепилась без изменений, но в оригинале, например в казахском языке, она могла бы звучать как Аптауұлы (сын Аптау) или Аптауқызы (дочь Аптау).

Географически фамилия редкая и встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Казахстане. Сословной принадлежности предков определить по фамилии нельзя: тюркские фамилии на -ов носили и крестьяне, и казахи-скотоводы, и мелкие служилые люди, перешедшие в русское подданство. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок по мужской линии, вероятно, жил в регионе, где русская администрация фиксировала инородцев по отчеству, превращая его в фамилию.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Аптауов стоит в одном ряду с Аптаевым, Аптаковым, Аптуловым — все они образованы от личных имён или прозвищ с корнем «апт-», который в тюркских языках часто связан с понятиями «широкий», «полный» или с религиозной лексикой.