Фамилия Аптенкар — редкая и почти наверняка «географическая», то есть образованная от названия местности. Её структура необычна для русского языка. Основа «Аптен» — это, скорее всего, искажённое или записанное на слух название деревни или села (возможно, Аптён или Аптёнка). Вторая часть, суффикс «-кар», — ключ к разгадке. В русской ономастике такой фамильный формант — исключение, он нехарактерен для центральных областей. Зато он типичен для топонимики Поволжья и Приуралья, где восходит к тюркскому слову со значением «город», «крепость» или «поселение». Тот же элемент мы видим в названиях Чебоксары, а также в многочисленных марийских и удмуртских топонимах.

Таким образом, Аптенкар буквально означает «выходец из поселения Аптен». Модель образования та же, что и в фамилиях Чебоксаров, Казанцев или Уфимцев, только вместо привычного суффикса использован редкий топонимический элемент. Вероятнее всего, предок носителя фамилии происходил из села Аптён (или Аптёнкар), которое могло находиться на территории современного Татарстана, Башкортостана или Удмуртии — именно там в исторических записях встречаются подобные названия.

Существует и другая, менее убедительная версия. Она связывает основу «аптен» с тюркскими словами «апте» (дед, старец) или «апты» (почтительный, уважаемый). Однако, если бы фамилия происходила от них, она, скорее всего, приняла бы форму Аптеев или Аптынов — с типичными русскими суффиксами. Формант «-кар» в роли фамильного суффикса настолько редок, что почти всегда указывает на топонимическое, а не личное происхождение. Поэтому географическая версия выглядит намного правдоподобнее.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами: дворянские фамилии по такой модели почти не строились. Крайне низкая встречаемость подтверждает локальное происхождение: фамилия могла закрепиться за одной-двумя семьями, переселившимися из конкретного села и сохранившими указание на свою малую родину. В современной России Аптенкар встречается спорадически, в основном в регионах Поволжья и Урала, что косвенно подтверждает первоначальную географическую привязку.