Фамилия Аптекарь — одно из тех прозвищ, которые застыли в родовом имени, не меняя своей формы. В отличие от большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев или -ин, она сохранила исходное нарицательное слово без каких-либо добавлений. Такая модель (бессуффиксная) характерна для украинской и белорусской традиции, а в русском языке встречается реже и чаще всего у фамилий, образованных от названий профессий или должностей.

В старину аптекарем называли не просто работника аптеки, а её владельца. Чтобы содержать аптеку, в былые времена требовалось не только желание, но и учёное звание аптекаря — специальное разрешение, которое давалось после серьёзного обучения. Это был человек с медицинским образованием, знавший химию, ботанику и фармакологию. Поэтому аптекари относились к числу уважаемых горожан, часто — к интеллигенции или купечеству. Однако в просторечии аптекарем могли назвать и того, кто просто готовит снадобья, лечит травами или торгует лекарствами, — так прозвище могло закрепиться за знахарем или торговцем.

Фамилия Аптекарь распространена не только в России, но и среди еврейского населения бывшей черты оседлости, где она также могла быть присвоена по профессии. Встречаются варианты написания: Аптекар, Аптекарев, Аптекарь. Последний — самый частый и точный по происхождению. Однокоренные фамилии — Аптекин, Аптеков, Аптекарский — образованы уже с помощью суффиксов, но исходный смысл у них тот же: предок был связан с аптечным делом.