Фамилия Аптекарь представляет собой застывшую форму прозвища, которое восходит к аналогичному нарицательному. В старину аптекарем называли не просто работника аптеки, но её владельца. Чтобы стать содержателем аптеки, в былые времена требовалось получить ученое звание аптекаря и разрешение открыть аптеку. Таким образом, аптекари были очень уважаемыми людьми. В просторечии аптекарем могли называть и того, кто готовит лекарства, снадобья. Таким образом, прозвище Аптекарь относится к профессиональным именованиям и указывает на род деятельности предка.