Фамилия Аптекина — женская форма от Аптекин, и её разбор лучше начать с суффикса, потому что он сразу выдаёт социальный срез. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в старину так образовывали фамилии от названий профессий, прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а или -я. То есть Аптекин буквально значит «сын аптекаря» или «человек из семьи аптекаря». Мужская фамилия Аптекин, в свою очередь, произошла от прозвища или профессионального именования Аптека.

Само слово «аптека» пришло в русский язык через польское apteka из латинского apotheca, что означало «кладовая» или «склад». В допетровской Руси аптекари были редкостью: первая царская аптека появилась в Москве при Иване Грозном, а до XVIII века аптечное дело оставалось привилегией иностранцев — немцев, голландцев, поляков. Поэтому носитель прозвища Аптека мог быть либо владельцем частной аптеки, либо аптекарским учеником, либо человеком, который торговал лекарственными травами и снадобьями на рынке. В народе «аптекой» могли в шутку назвать и знахаря, у которого всегда был запас настоек и мазей.

Интересная деталь: фамилия Аптекин (и Аптекина) — нечастая, но географически привязана к центральным и северо-западным регионам России. Встречается в старых писцовых книгах Новгородской и Тверской губерний, где в XVII веке селились обрусевшие немцы и поляки, занимавшиеся врачеванием. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Аптекарь, Аптекарский, Аптечников, — то Аптекин выглядит как более ранняя, патронимическая форма, закрепившаяся ещё до того, как слово «аптекарь» стало официальным сословным обозначением.

Версия о происхождении от личного имени Аптека (как уменьшительного от Аполлон или Афанасий) маловероятна: в святцах такого имени нет, а звучит оно для русского уха слишком нарочито «профессионально». Поэтому самая правдоподобная гипотеза — профессиональное прозвище, которое закрепилось за родом и перешло в фамилию. Носительница фамилии Аптекина может считать, что её предки были людьми, связанными с лекарским делом, — возможно, первыми русскими фармацевтами, которые открывали аптеки в уездных городах.