Фамилия Аптекашев образована от личного имени Аптекаш — диалектного варианта арабского имени Габдулла. Имя Габдулла переводится как «слуга Аллаха»: его первая часть восходит к арабскому «габде» (раб, слуга), вторая — краткая форма слова Аллах. Имя Аптекаш возникло в тюркской среде, где звуковой облик заимствованных арабских имён часто менялся под влиянием местных говоров. Так, «Габдулла» мог превратиться в «Аптекаш» через упрощение начального согласного и замену конечного слога на более привычное -аш.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае суффикс добавлен к основе Аптекаш-, и фамилия буквально означает «сын Аптекаша». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где арабские имена бытовали в местных вариантах, а фамилии оформлялись по-русски.

Тюркский фамильный формант -оглы, упоминаемый в некоторых источниках, к фамилии Аптекашев не имеет прямого отношения: это отдельная модель, характерная для турецких и гагаузских фамилий. В русской записи фамилий тюркского происхождения, особенно после переписи населения, такие форманты обычно отсекались или заменялись русскими суффиксами.

Один из ранних задокументированных носителей — Сагадит Хуснуллинович Аптекашев, родившийся в 1925 году. Его отчество указывает на сохранение арабского имени Хуснулла в семье, что подтверждает религиозно-именную традицию, в которой имена со значением «слуга Бога» передавались из поколения в поколение. Таким образом, фамилия Аптекашев — не случайное прозвище, а прямое указание на то, что предок носителя был назван именем, подчёркивающим преданность Богу.