Фамилия Аптекин — редкий случай, когда профессиональное прозвище закрепилось в русской ономастике напрямую, без посредников. В отличие от большинства «аптекарских» фамилий (Аптекарь, Аптекарский, Аптечников), её основа не тюркская и не польская, а чисто русская, бытовая: «аптека» в значении «лекарственная лавка». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аптекин — буквально «сын аптекаря» или «человек из семьи аптекаря».

В русской традиции XVII–XVIII веков аптекарями называли не только владельцев аптек, но и знахарей, травников, а также людей, торговавших лекарственными снадобьями вразнос. Поэтому предок носителя фамилии мог быть не дипломированным фармацевтом, а, скажем, коробейником с набором настоек и мазей. В документах того времени слово «аптекарь» писали через «ф» — «афтекарь», но в фамилии сохранилось народное произношение без придыхания.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России. По данным переписей XIX века, Аптекины встречались в Тамбовской, Рязанской и Саратовской губерниях — регионах, где активно развивалась ярмарочная торговля. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: это типично мещанская или купеческая фамилия. Встречаются варианты написания — Аптеккин (с удвоенной «к»), но основная форма именно с одной «к», что подчёркивает бытовую, а не книжную природу прозвища.

Если разбирать словообразовательную модель, то фамилия Аптекин стоит в ряду таких же профессиональных фамилий на -ин, как Пушкин (от «пушка» — пушкарь) или Гагарин (от «гагара» — птица, но в переносном смысле). Однако в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упоминается отдельно, а входит в общую группу фамилий от названий профессий с суффиксом -ин. Этот суффикс в русской ономастике чаще маркирует происхождение от лица мужского пола, поэтому Аптекин — не географическая и не патронимическая фамилия, а чисто профессиональная, что делает её этимологию довольно прозрачной.