Фамилия Аптеев — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать с корня, а не с суффикса. Основа «аптей» или «апте» восходит к арабскому слову «аптека» (через тюркское посредничество), но в русской ономастике закрепилась не в значении «аптекарь», а как личное имя или прозвище. В татарской и башкирской среде имя Аптей (варианты — Апты, Аптәй) было распространено в XVI–XVII веках и означало «лекарь», «знахарь» или, по другой версии, «открывающий», «дарующий». Поэтому предок носителя фамилии Аптеев — не обязательно владелец аптеки, а скорее человек, занимавшийся врачеванием или пользовавшийся уважением за умение лечить травами и заговорами.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ: так оформляли фамилии крещёных татар, башкир и других народов Поволжья. Если бы фамилия осталась в тюркской среде, она звучала бы как Аптеев или Аптеулы, но с русским окончанием она закрепилась в документах после крещения или при переходе в православие. Встречается также вариант Аптеев с двойным «е» на конце — это графическая особенность, не меняющая смысла.

Географически фамилия привязана к регионам с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к местам переселения в Сибирь (Тюменская, Томская области). В дореволюционных переписях Аптеевы фиксировались как государственные крестьяне и мещане, реже — как купцы. Встречается фамилия и среди казанских татар, и среди мишарей.

Спорных версий немного: иногда корень «апт» ошибочно связывают с греческим «аптека» напрямую, но это натяжка — греческое влияние на русские фамилии в XVI веке минимально. Тюркское посредничество здесь очевидно, и оно подтверждается параллельными фамилиями: Аптекеев, Аптраев, Аптюков. Все они образованы от личных имён с тем же корнем.

В XX веке фамилия встречается у людей разных профессий, но её тюркская основа напоминает о том, что предки были связаны с народной медициной — не с дипломированной, а с той, что передавалась в семье и в общине.