Фамилия Аптечкин — редкий случай, когда профессиональное прозвище закрепилось в форме с суффиксом -ин, а не более привычным -ов или -ев. Основа здесь — «аптечка», уменьшительное от «аптека». Но сразу оговоримся: прямой связи с торговлей лекарствами в мелкой расфасовке у предка, скорее всего, не было.

Словообразовательная модель подсказывает, что Аптечкин — это «сын аптечки», то есть человека, которого в быту называли Аптечка. В русских говорах и в просторечии XIX века так могли прозвать не только аптекаря, но и знахаря, травника, а то и просто человека с вечно озабоченным, хлопотливым видом — словно он всё время что-то ищет в своей «аптечке». В отличие от фамилии Аптекин или Аптекарский, которые прямо указывают на владельца аптеки, Аптечкин звучит более сниженно, по-домашнему. Это прозвище могли дать в деревне или в среде мелких служащих, а не в городском аптекарском цехе.

У фамилии есть одна любопытная особенность: она могла возникнуть и как «вторичная» — от названия населённого пункта вроде Аптечки или Аптечкино. Такие топонимы встречаются в центральной России, но крайне редко. Если это так, то предок был не аптекарем, а просто выходцем из деревни с «лекарственным» названием, которое, в свою очередь, могло появиться из-за расположения на старом тракте, где стояла казённая аптечка для проезжающих.

Версия с еврейским корнем (от идишского «аптекер») для фамилии Аптечкин маловероятна: типичная еврейская фамилия аптекаря — Аптекман или Аптекарский, а суффикс -ин в этой среде нехарактерен. Так что перед нами чисто русская, крестьянская или мещанская фамилия, образованная от ласкательно-бытового прозвища. Встречается она в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVIII–XIX веках ссылали или переселяли людей с «медицинскими» прозвищами, либо где работали вольные травники.