Фамилия Аптулин — редкий случай, когда прозрачная на первый взгляд основа оказывается не такой однозначной. Слух сразу цепляется за суффикс -ин, который в русском языке отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность. Но корень Аптул- ведёт не в славянскую, а в тюркскую или арабскую среду. Самая вероятная версия: в основе лежит имя Аптулла — один из диалектных вариантов имени Абдулла (араб. «раб Аллаха»). В татарской и башкирской среде это имя часто звучало как Аптулла, Аптул или Аптулай, а фамилии на -ин от него — обычное дело: отсюда же Аптуллин, Аптулов и Аптулин.

Существует и вторая, менее очевидная гипотеза. В русских говорах Урала и Сибири фиксировалось слово «аптула» — так называли неуклюжего, неповоротливого человека. Если фамилия возникла в среде русских крестьян, её могли дать по прозвищу: Аптула → Аптулин. Однако эта версия слабее: слово редкое и локальное, а имя Аптулла в метрических книгах встречается гораздо чаще и шире.

География фамилии уверенно подтверждает первую версию. Аптулины устойчиво встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — то есть в зоне давнего контакта тюркских и славянских культур. В дореволюционных ревизских сказках Аптулины записаны как тептяри или государственные крестьяне, что типично для татарских и башкирских родов, перешедших к оседлому земледелию. Суффикс -ин в данном случае не признак русского происхождения: в Поволжье он прирастал к любым именам по модели «чей сын». Так что предок носителя фамилии — скорее всего, человек по имени Аптулла, живший в татарской или башкирской деревне.