Фамилия Апуева — редкий случай, когда географическая привязка оказывается точнее лингвистического разбора. В подавляющем большинстве случаев её носители — русские, но не из центральных областей, а из бывших казачьих регионов: Дона, Кубани, Терека. Если встретите Апуева в Волгоградской или Ростовской области, корни почти наверняка ведут в казачью среду.

Словообразовательная модель простая: основа Апуй + суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Апуй. Вопрос в том, что такое «Апуй».

Здесь возможны две версии, и одна из них убедительнее. Первая, самая прямая: прозвище от глагола «опу́хнуть» в форме повелительного наклонения — «опу́й». В старых говорах, особенно южнорусских, приставка о- могла редуцироваться до а-: «апуй» вместо «опуй». Прозвище давали человеку с отёчным лицом или медлительному, «опухшему» от сна. Вторая версия — от диалектного «апу́й» (ударение на последний слог), что в некоторых говорах означало обжору или неряху. Это значение фиксируется в словаре Даля для слова «опу́ха» — неопрятный человек.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит тюркское имя или прозвище. На Кавказе и в Поволжье фамилии на -ев с тюркскими корнями обычны, но для Апуевой убедительных тюркских параллелей нет. Скорее всего, перед нами чисто русская модель: прозвище, данное по внешности или характеру, закрепилось в фамилии на рубеже XVII–XVIII веков, когда казачьи фамилии только формировались.

Фамилия недворянская, нестарая — в боярских списках и разрядных книгах её нет. Это фамилия крестьянская и казачья, что подтверждается её концентрацией на юге России. Носители Апуевой — потомки тех, кого в своё время назвали прозвищем, которое сейчас может показаться грубоватым, но для своего времени было обычной бытовой характеристикой.