Фамилия Апуов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, которые образованы от славянских имён или прозвищ, основа здесь явно тюркская. Суффикс -ов стандартный, патронимический, он отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность роду. Но исходное слово — не русское, и это сразу задаёт направление поиска.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Апу́. В казахском, башкирском и других тюркских языках слово «апа» (или «апу») означает «старшая сестра», «бабушка» или служит почтительным обращением к женщине. Однако фамилия мужская, поэтому логичнее предположить, что Апу — это личное имя, возможно, сокращённая форма от более длинного имени, например Апул или Апубакир. Встречается и версия, что Апу — диалектный вариант имени Абу (отец), но она менее убедительна: имя Абу в тюркской среде обычно не усекается до Апу, такая форма нетипична.

Географически фамилия Апуов тяготеет к регионам с тюркским населением: Казахстан, Башкортостан, Татарстан, а также к южнорусским степям, где исторически жили казахи и ногайцы. В документах XIX века такую фамилию могли записать у казаха или башкира, перешедшего в крестьянское или казачье сословие. В русской среде она почти не встречается, что делает её чётким маркером этнической принадлежности предка.

По словообразовательной модели Апуов близок к фамилиям типа Абуов, Апаев, Апушев. Если предок носителя фамилии был выходцем из кочевых народов, то его прозвали по старшему родственнику или по уважаемой женщине в роду — например, по бабушке Апе. В любом случае, эта фамилия не про профессию и не про внешность, а про родство и семейное прозвище, которое закрепилось за потомками.