Фамилия Апуков — редкий пример, где основа отчётливо указывает на географическое происхождение, а не на профессию или личное качество. Скорее всего, она образована от названия реки Апука на Камчатке. Апука впадает в Олюторский залив Берингова моря, и в её бассейне издавна жили коряки и оленные чукчи. В русской ономастике фамилии по гидронимам (названиям рек) встречаются, но обычно у переселенцев, которые получали прозвище по месту, откуда пришли: «апуковский» — с Апуки. Со временем суффикс -ский мог редуцироваться до -ов, как нередко бывало при адаптации нерусских фамилий в официальных документах.

Суффикс -ов указывает на русскую модель патронимии: «чей?» — Апуков. Если бы фамилия была исконно русской по корню, мы бы искали прозвище Апук — возможно, от диалектного «апукать» (бормотать, говорить невнятно) или от тюркского «апук» (слабоумный, простоватый). Но обе эти версии слабее гидронимической: во-первых, глагол «апукать» — редкий локальный говор, не давший массовых прозвищ; во-вторых, тюркская версия не подтверждается ареалом — фамилия Апуков встречается преимущественно на Дальнем Востоке и в Сибири, а не в Поволжье или на Кавказе.

Самая правдоподобная картина: предок носителя фамилии был камчатским казаком, промышленником или ссыльнопоселенцем, которого записали по реке, где он жил или нёс службу. Корякское название Апука, вероятно, означает «большая вода» или «река, где много рыбы» — в корякском языке «ап» может быть связано с водой. Фамилия осталась редкой: по переписям, основные очаги Апуковых — Камчатский край и соседние регионы, что косвенно подтверждает северо-восточное происхождение.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в фамилии оно падает на второй слог — Апу́ков. Если бы ударным был первый слог (А́пуков), это могло бы указывать на имя Апук как вариант крестильного Аввакум, но такая форма не зафиксирована в святцах. Таким образом, перед нами фамилия-топоним, и её носители — потомки людей, связанных с одной из самых дальних рек России.