Фамилия Апукова — женская форма, а её мужской вариант, Апуков, встречается гораздо чаще. Это типичная русская фамилия, образованная от прозвища или имени через суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Апуков, то есть сын или потомок Апука).

Самая вероятная основа — прозвище Апук. В русских говорах слово «апук» или «опу́к» означало «выпуклость», «горб», «шишка». Прозвище могли дать человеку с заметной физической особенностью — сутулому, горбатому или с крупной шишкой на теле. В переносном смысле Апуком могли назвать и заносчивого, «надутого» человека, который держится важно, словно раздувается от гордости. Такие прозвища по внешним признакам — одни из древнейших в русской ономастике.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «апук» означает «отец» или «старший родственник». Однако фамилия с таким корнем встречается преимущественно у русских, а не у тюркоязычных народов, поэтому версия с русским прозвищем выглядит убедительнее. Географически фамилия редкая, её очаги — центральные и южные области России, где были распространены диалектные слова с корнем «пук-/апук-».

Фамилия Апукова не принадлежала дворянству и не попала в родословные книги. Её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по уличному прозвищу предка. В современных справочниках она не упоминается среди частых, что делает её интересным примером редкой прозвищной фамилии, сохранившей в основе живое диалектное слово.