Фамилия Апутанова — редкий случай в русской ономастике, где суффикс -ов- указывает на мужскую форму, а женская — Апутанова — образована от неё стандартным добавлением -а. Основа фамилии — прозвище или мирское имя Апутан. Слово «апутан» в русских говорах не зафиксировано, но его можно связать с диалектным глаголом «путать» и приставкой «о-». В северных и сибирских говорах «опутанный» означало «запутанный, спутанный», а «апутать» — то же, что «опутать». Прозвище Апутан могли дать человеку нерасторопному, неловкому в делах или, наоборот, хитрому, умеющему «запутать следы».

Есть и другая версия, менее вероятная, но любопытная: основа восходит к тюркскому «апутан» — «обманщик, плут». В русских фамилиях нередки заимствования из татарского или башкирского, но в данном случае отсутствуют характерные тюркские суффиксы (вроде -ов/-ев), которые бы указывали на прямое заимствование. Правдоподобнее, что прозвище возникло на русской почве, в среде крестьян или ремесленников, где внешность или поведение человека становились основой для фамильного прозвания.

Суффикс -ов делает фамилию типичной для центральной России и Поволжья: такие фамилии массово закрепились в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей. Апутановы могли жить в районах, где бытовали диалектные формы с «а» вместо «о» (аканье), что объясняет написание «Апутанов» вместо «Опутанов». Встречаемость фамилии крайне низкая — она почти не упоминается в дореволюционных ревизских сказках, что говорит о её локальном, возможно, односословном происхождении. По сути, это фамилия одного корня, одного села или семьи, которая не разошлась широко по стране.