Фамилия Арафалов — редкий случай, когда типичная русская фамилия на -ов скрывает за собой неочевидную основу. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Арафала» или «из рода Арафала». Вся сложность в том, что такое «Арафал» и откуда оно взялось — здесь нет однозначной славянской или тюркской этимологии, хотя внешне фамилия выглядит привычно.

Самую убедительную версию даёт арабский корень «арафа» (معرفة) — «знание», «познание». В тюркских языках, которые активно заимствовали арабизмы, «араф» могло означать «знающий», «сведущий». Форма с суффиксом -ал (-ал/-ел в тюркских именах часто указывает на деятеля) превращает корень в прозвище-характеристику: Арафал — это «знаток», «мудрец». Фамилия могла закрепиться в среде татарской или башкирской знати, принявшей русскую модель фамилии после вхождения этих народов в состав Российского государства.

Менее убедительная версия — от тюркского личного имени Араф (встречается в вариантах Арап, Араф) с добавлением второго компонента -ал, что могло дать имя-оберег со значением «честный» или «чистый». Но документальных подтверждений такой модели в антропонимии тюрок мало, поэтому эта гипотеза уступает первой.

География фамилии — Поволжье и Урал, регионы смешанных русско-татарских и русско-башкирских общин. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение. Сословно носители фамилии могли быть как служилыми людьми (мурзы, татарские князья, перешедшие на русскую службу), так и крестьянами-старообрядцами, усвоившими необычное прозвище от соседей.

Важно не путать эту фамилию с Арафатов (от имени Арафат, названия горы в Мекке). Арафалов — другой, более редкий случай, где основа не имя, а прозвище-характеристика. Корень «араф» в нём не имеет ничего общего с арабским топонимом.