Фамилия Аракнцев — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа не имеет ничего общего с арабами или Аравией, как можно было бы предположить по первому слогу. Настоящий корень здесь — «аракн», и ведёт он прямиком в мир пауков.

Исходное слово — «ара́кна», устаревшее или диалектное название паука, восходящее к греческому ἀράχνη. В русских говорах, особенно в южных и западных, это слово означало паука, а также служило прозвищем для человека: худого, длинноногого, с цепкими пальцами, либо того, кто занимался плетением — кружев, сетей, корзин. Прозвище Аракна в XVI–XVII веках фиксируют переписные книги, хоть и нечасто.

От него по стандартной модели образовалась фамилия Аракнцев — с патронимическим суффиксом -ев (после ц пишется не -ов, а -ев). Формант указывает на происхождение от отца: Аракнц — это краткая форма от Аракна (с отсечением конечного -а), а Аракнцев — «сын Аракнца». Такая модель типична для фамилий от прозвищ на -а: Кузнецов (от Кузнец), Певцов (от Певец). Суффикс -ц- в основе (Аракнец) мог возникнуть как уменьшительный или принадлежностный вариант — «аракнин сын» со временем превратился в «аракнец».

География фамилии узкая. Основные следы ведут в бывшие Тульскую, Рязанскую и Калужскую губернии — регионы, где слово «аракна» бытовало в местных говорах. Встречается она и у старообрядцев, что объясняет редкое сохранение архаичной лексики. Среди однокоренных — фамилии Аракнин, Аракничев, но все они крайне малочисленны.

Сословная принадлежность носителей в основном крестьянская или мещанская. Дворянских родов Аракнцевых не зафиксировано. Прозвище, лёгшее в основу, скорее всего, дали ремесленнику — ткачу, корзинщику или рыбаку, плетущему сети, — либо просто человеку с внешним сходством с пауком. В любом случае, фамилия сохранила редкий пласт народной лексики, почти утраченный в современном языке.