Фамилия Арлушин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от имён или прозвищ на согласный, или на -ин от основ на -а/-я, здесь мы видим суффикс -ин, но основа неочевидна. Скорее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Арлуша. Такая форма характерна для русской народной традиции: усечение имени и добавление ласкательного суффикса -уш- (-юш-). Например, от имени Арий (редкое каноническое имя) или от Арсений (через форму Арся, Арса) могло возникнуть Арлуша. Получается, что Арлушин — буквально «сын Арлуши» или «человек из рода Арлуши».

Есть и вторая, более прозаическая версия, связанная с географией. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, деревни Арлуши или Арлухово. Такие топонимы встречаются в северных и центральных областях России (например, в бывшей Вологодской или Костромской губернии). В этом случае фамилия указывает на выходца из этих мест: «арлушинский» со временем сократилось до «Арлушин». Суффикс -ин в топонимических фамилиях встречается реже, чем -ский, но возможен: ср. фамилии Москвин, Тверитин.

Третья, менее вероятная гипотеза выводит основу из тюркского слова «арлу» (заросший, густой) или «арлык» (ярлык, грамота). Но для русской фамилии с суффиксом -ин это звучит натянуто: такие заимствования обычно давали бы форму Арлуков или Арлуев. Поэтому наиболее правдоподобно видеть в Арлушине «внука Арлуши» — человека, чей предок носил простое домашнее имя, которое со временем забылось, оставив след только в фамилии. Носителей этой фамилии сегодня немного, и сословного барьера у неё не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, в зависимости от того, в какой среде закрепилось прозвище.