Фамилия Арпинтин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного славянского суффикса -ов, но есть -ин, который указывает на принадлежность («чей?»). Однако основа Арпинт- звучит для русского уха чужеродно. Скорее всего, фамилию образовали от прозвища или имени, попавшего в русскую среду из другого языка, а затем адаптированного.

Самая вероятная версия ведёт в Средиземноморье. В итальянском есть слово «arpione» (гарпун, багор) или фамилия Arpino, связанная с городом Арпино в регионе Лацио. В греческом языке существует имя Арпин (Ἀρπίν). При переносе на русскую почву конечное -ин могло слиться с основой, и получилась модель, похожая на фамилии от имён Константин, Мартын или Филипп: Арпин → Арпинтин. То есть предок носителя фамилии мог быть греком, итальянцем или выходцем из Средиземноморья, которого на Руси прозвали по родной земле или личному имени, а затем добавили русский патронимический суффикс.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим словом «αρπή» (арпи́) — «серп» или «крюк». В таком случае прозвище Арпинта могли дать человеку с характерной внешностью (горбоносый, с крючковатым носом) или ремесленнику, работавшему с баграми и крюками — например, лодочнику или рыбаку. Суффикс -ин в фамилии тогда означал бы «сын Арпинты» или «из рода Арпинты».

Географически фамилия почти не встречается в открытых источниках, что подтверждает её крайнюю редкость. Возможно, она бытовала в южных регионах России, где исторически существовали греческие поселения — в Приазовье, Крыму, Новороссии, — или среди потомков греческих колонистов. Корень фамилии явно не славянский, и её носители, скорее всего, имеют южные или средиземноморские корни, которые со временем полностью обрусели.