Фамилия Аршунин интересна тем, что за простым звучанием скрывается неочевидная основа, а её словообразовательная модель сразу бросается в глаза своей редкостью. Большинство русских фамилий на -ин образованы от основ, оканчивающихся на -а или -я (Кузьма — Кузьмин), но здесь суффикс -ин присоединён к основе, заканчивающейся на согласный: Аршун-. Такая модель встречается реже и обычно указывает на то, что основа — не полное имя, а прозвище или усечённая форма. Именно эта особенность и задаёт направление поиска.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским или кавказским корнем. В тюркских языках «аршун» или «аршын» — это мера длины (аршин). Слово могло стать прозвищем человека высокого роста (как аршин проглотил) или того, кто торговал тканями, отмеряя их аршином. В азербайджанском, кумыкском и некоторых других языках «аршун» означает именно «локоть» как меру. Фамилия могла закрепиться за отцом или дедом, которого в округе знали как Аршуна — либо по ремеслу (торговец мануфактурой), либо по внешнему признаку. Эта версия подкрепляется географией: фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где исторически сильны тюркские влияния.

Менее вероятная, но допустимая версия — от православного имени Арсений через народную форму Аршун. Усечение имени до Аршун (Арсений → Арсен → Арша → Аршун) встречается в южнорусских и украинских говорах, где любили сокращать имена до двух-трёх слогов. Однако эта гипотеза слабее: для неё нет устойчивой диалектной традиции, а суффикс -ун в русских прозвищах чаще образует названия по действию (бегун, крикун), чем уменьшительные формы.

Встречается фамилия нечасто, что говорит о локальном происхождении: род мог возникнуть в одном селе или городке и долго не рассеивался. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков попадаются однокоренные фамилии Аршунов и Аршинов, но Аршунин — более редкий вариант, сохранивший именно прозвищную форму без перехода в патроним на -ов. Таким образом, предки носителя фамилии Аршунин с высокой вероятностью были людьми, связанными с измерением или продажей тканей, либо получили прозвище по росту. В любом случае, фамилия — живой след южнорусского или поволжского быта, где тюркское слово прочно вошло в обиход и дало начало новому родовому имени.