Фамилия Асфаганов — редкая и не сразу прозрачная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не в сторону славянских корней, а на восток. Основа фамилии — тюркское мужское имя Асфаган (встречаются варианты Асфакан, Асфахан). В свою очередь, это имя восходит к арабскому «асфахан» или «исфахан», что означает «из города Исфахан». Исфахан — один из древнейших городов Ирана, крупный культурный и торговый центр. В прошлом такое именование давали человеку, который происходил из этого города или имел с ним прочную связь (например, торговал с ним).

Суффикс -ов в фамилии — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Асфагана». Таким образом, Асфаганов — это русифицированная версия тюркской фамилии или отчества. Подобная модель типична для татарских, башкирских и других фамилий народов Поволжья и Урала, которые в XIX–XX веках переоформляли свои родовые имена на русский лад.

Интересно, что в отличие от многих географических прозвищ, которые давали переселенцам (например, Казанцев — приехавший из Казани), здесь имя-основа сохранило не топоним в чистом виде, а личное имя, которое уже само по себе отсылает к городу. Это говорит о том, что имя Асфаган могло быть довольно популярным в определённой среде, возможно, в среде мусульманского духовенства или купечества, где знание географии и происхождения из престижного города ценилось.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным открытых источников, большинство носителей сосредоточено в Республике Башкортостан и соседних регионах (Оренбургская область, Татарстан), что подтверждает её тюрко-башкирские корни. Встречается также написание Асфаканов — с заменой «г» на «к», что может быть результатом особенностей местного произношения или ошибки при записи в паспортных столах. Споров о происхождении фамилии практически нет — версия с городом Исфахан является основной и признаётся ономастами как наиболее логичная.