Фамилия Атеняева — редкий случай, когда внешняя простота обманчива. В ней скрыта словообразовательная загадка, не типичная для массовых русских фамилий. Большинство фамилий на -ов/-ев образованы от полных форм имён или прозвищ, но здесь основа «Атеня-» плюс суффикс притяжательного прилагательного -ев (в женском роде -ева) указывают на мужское прозвище или имя Атеней (или Атеня). Именно от него и пошла фамилия.

Корень «атен-» ведёт к самой правдоподобной версии — греческому имени Афиней (Athenaios), что значит «принадлежащий Афине» или «афинянин». В русской народной среде, особенно среди духовенства, греческие имена часто адаптировали: Афиней превращался в разговорное Атеней, а затем в ласкательную форму Атеня. Такой путь типичен для семинарских и монашеских фамилий, которые давали по церковному календарю или имени наставника. Значит, предок носителя фамилии мог быть выходцем из духовного сословия, где ценились «учёные» греческие имена, либо человеком, получившим прозвище за учёность или связь с церковью. Ономастика поддерживает эту версию: фамилии на -ей (Атеней, Матвей, Тимофей) регулярно давали начало фамилиям на -ев.

Есть и бытовая, хотя менее вероятная, версия. В некоторых говорах русского языка слово «атеня» (или «отеня») могло означать «отец», «батюшка» — почтительное обращение к священнику. Тогда прозвище Атеня могло закрепиться за сыном или прихожанином, который часто так обращался к своему духовнику. Но связь с греческим Афинеем выглядит обоснованнее.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог — Атеня́ева. Это характерно для фамилий, образованных от двусложного прозвища с окончанием на -я. Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает её возможное «семинарское» происхождение: именно там церковные школы были наиболее распространены. Выходит, носитель фамилии Атеняева — потомок человека, носившего редкое церковное имя Атеней, которое со временем стало прозвищем и закрепилось за родом.