Фамилия Атлина — редкий случай, когда стандартная русская модель образования (суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Атлин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Атля) сочетается с нестандартной основой. Вопрос о том, откуда взялось само слово «Атля», неочевиден и открывает сразу несколько версий, из которых одна заметно весомее других.

Самая вероятная версия ведёт к тюркским корням. В тюркских языках «ат» — конь, лошадь. Уменьшительная форма «атлы» могла означать «конный», «всадник», а в переносном смысле — «имеющий коня», то есть зажиточный человек. Прозвище Атля (или Атла) давали либо конному воину, либо коневоду, либо просто человеку, который владел хорошим конём. В русских говорах, особенно в южных и поволжских регионах, где был силён тюркский языковой слой, такое прозвище легко приживалось. География бытования фамилии — в основном центральная Россия и Поволжье — косвенно подтверждает эту версию.

Вторая версия, менее убедительная, связывает фамилию с греческим именем Афанасий. В народной речи имя Афанасий сокращали до Афоня, Афона, а в некоторых говорах — до Атля. Однако фонетический переход «ф» в «т» для русского языка нехарактерен, поэтому эта гипотеза слабая, и серьёзные исследователи её обычно не рассматривают. Третья версия — от гидронима: на Южном Урале есть река Атля, и фамилия могла возникнуть у выходца с тех мест. Но это скорее исключение, чем правило, и не объясняет распространения фамилии в Поволжье.

Разбор суффикса здесь даёт дополнительную деталь: суффикс -ин в русских фамилиях обычно образуется от основ на -а или -я (Атля → Атлин). Это типичная модель для прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный. Фамилия Атлина — женская форма, мужской вариант — Атлин. Сословной привязки у неё нет: Атлиными могли быть и крестьяне, и мещане — фамилия не указывает на дворянство или духовенство. Главное, что её носитель в прошлом, скорее всего, был человеком, связанным с конём, будь то воин, пастух или торговец.