Фамилия Атнакаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Атнакаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Атнакаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Атнакаев восходит к мужскому тюркскому имени Атнакай. Это имя образовано путем присоединением к слову «атна» («пятница» - священный день у мусульман) уменьшительно-ласкательного аффикса -кай. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Атнакаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Атнакаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.