Фамилия Атнеев (встречается также в форме Атнеевы) — редкий пример тюркского по происхождению семейного имени, которое закрепилось в русской ономастике. Её основа — прозвище Атней, которое, скорее всего, связано с татарским словом «атна» — «неделя». В старом тюркском и русском обиходе «неделей» называли воскресенье, день отдыха. Отсюда понедельник (после недели) и всё семидневье. Поэтому прозвище Атней могли дать ребёнку, родившемуся именно в воскресенье. Такие «календарные» прозвища были удобны в быту: они не требовали дополнительных объяснений и сразу указывали на памятную дату.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Атней добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Так тюркское прозвище «обрусело» и стало фамилией, передающейся по наследству. Подобным образом — через суффикс -ев/-ов — образовано множество русских фамилий от нерусских корней (например, Башмаков, Татаринов, Ахматов).

Вопрос о сословной принадлежности Атнеевых остаётся открытым. С одной стороны, фамилия не встречается среди титулованных дворянских родов, внесённых в родословные книги. С другой — в Поволжье и Приуралье, где традиционно сильны татарские и башкирские корни, подобные фамилии могли носить как служилые люди (мурзы, толмачи), так и крестьяне-старообрядцы, заимствовавшие прозвища у соседей-татар. Без конкретных архивных записей точнее сказать нельзя.

Ономасты (в частности, исследователь тюркских элементов в русских фамилиях Н. А. Баскаков) отмечают, что прозвища от слова «атна» характерны для татарской и башкирской среды. Встречаются однокоренные фамилии: Атнагулов, Атнабаев, Атнашев. Фамилия Атнеев стоит в этом ряду особняком, потому что она не сохранила типично татарского суффикса принадлежности (-ов/-ев в тюркских языках не используется), а целиком подчинилась русской грамматике. Это говорит о том, что носители фамилии давно перешли на русский язык и, возможно, крестились, утратив прямую связь с мусульманской традицией.

Точное место и время возникновения фамилии Атнеев сегодня установить трудно: процесс закрепления прозвищ в качестве фамилий длился веками, и письменные источники по таким редким именам скудны. Однако ясно одно: Атнеевы — носители замечательного памятника восточной письменности и культуры, который через бытовое прозвище сохранил память о дне рождения предка и о языке, на котором говорили его соседи.