Фамилия Атнярова — женская форма, мужская — Атняров. В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Атняр, которое распространено у башкир и татар. Имя Атняр составное: первая часть «ат» переводится как «лошадь, конь», вторая «няр» (или «яр») — «друг, товарищ, верный». Таким образом, Атняр — «конный друг» или «верный, как конь». В тюркской ономастике имена с компонентом «ат» нередко давали мальчикам, желая им силы, выносливости и преданности, которые символизировал конь — главный помощник кочевника.

Модель образования фамилии проста: к основе Атняр добавили русский патронимический суффикс -ов, что типично для фамилий, возникших в среде крещёных татар и башкир в XVIII–XIX веках. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Атняра». Окончание -а в женском варианте — стандартное русское грамматическое оформление.

Географически фамилия Атнярова тяготеет к регионам с компактным проживанием башкир и татар: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от конкретного родоначальника в одном из селений.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов часто присоединяли к прозвищам или названиям профессий, здесь мы видим прямое использование личного имени. Это сближает Атнярова с такими фамилиями, как Ахметов, Ибрагимов, где имя предка стало фамилией без дополнительного переосмысления. Если предок-носитель имени Атняр был крещён, то имя могло быть дано уже при рождении, а не в качестве прозвища — это указывает на сохранение тюркской традиции именования даже после принятия православия.

Других версий происхождения, например от названия реки или населённого пункта, для фамилии Атнярова не зафиксировано. Спорные гипотезы о связи с марийским словом «атня» (утро) лингвистически неправдоподобны из-за разницы в суффиксальном оформлении.