Фамилия Атняев — редкий случай, когда основа слова не даёт очевидной подсказки, и приходится разбираться в диалектных превращениях имён. На первый взгляд корень «Атня» напоминает тюркские личные имена или географические названия, но при ближайшем рассмотрении выясняется, что всё интереснее. Фамилию образовали с помощью типичного русского патронимического суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или гласный. Значит, предка звали Атняй.

Самая вероятная версия — происхождение от крестильного имени Афанасий в его просторечной, усечённой форме. В русских говорах имя Афанасий нередко сокращали до Афоня, а затем, через дальнейшее упрощение, до Атня или Атняй. Подобные переходы (Афанасий → Афоня → Атня) фиксируются в диалектной речи, особенно в северных и центральных губерниях. Модель образования здесь та же, что и в фамилиях Атнашев или Атнагулов, но без тюркского компонента — чисто русская народная переделка греческого имени. Если бы не суффикс -яй, который в русских уменьшительных формах встречается чаще, чем в тюркских, можно было бы уверенно говорить о связи с тюркским словом «ат» — лошадь. В этом случае Атняй могло быть прозвищем конюха, всадника или человека, имевшего отношение к лошадям, но версия с Афанасием выглядит убедительнее.

Фамилия Атняев — редкая. Она встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, где исторически смешивались русские и тюркские антропонимические традиции. В документах XIX века носители фамилии записаны в основном как государственные крестьяне или мещане. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простонародная, возникшая в крестьянской или посадской среде.