Фамилия Атоева — женская форма фамилии Атоев. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Ато. Такая модель типична для русских фамилий, но сама основа указывает на нерусское, скорее всего тюркское, происхождение.

Корень «Ато» восходит к тюркскому слову «ата» — «отец», «предок», «старший». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, узбекском) это слово широко используется как почтительное обращение к старшему мужчине, а также входит в состав сложных имен (например, Атабек, Атаулла). Фамилия Атоев могла возникнуть от прозвища или имени Ато, которое давали уважаемому человеку, старейшине рода или просто отцу семейства. В русской среде такое прозвище закрепилось за выходцем из тюркской среды, а затем оформилось в фамилию с помощью патронимического суффикса -ев.

Встречается и другая версия: связь с арабским именем Ато (или Ата), которое означает «дар», «подарок». В этом случае фамилия несет в себе значение «сын дара» или «сын того, кто является даром». Обе версии правдоподобны, так как тюркские и арабские имена в регионах распространения ислама часто переплетаются. Однако связь с «отцом» («ата») кажется более прямой и частотной для фамилий этого типа.

Особенность фамилии Атоева — ее относительная редкость. Она не входит в списки самых распространенных русских фамилий, но имеет устойчивое бытование в регионах с татарским и башкирским населением, а также на Северном Кавказе. Встречаются варианты написания через «а» или «о» в первом слоге (Атоева и Атаева), что связано с особенностями произношения в разных тюркских языках. Фамилия Атоев (и Атоева) — яркий пример того, как тюркское слово, пройдя через русскую фамильную модель, закрепилось в качестве родового имени.