Фамилия Атохонова — женская форма, образованная от мужской Атохонов. Её основа восходит к тюркскому или иранскому имени Атохон, которое состоит из двух частей: «ато» (в переводе с тюркских языков — «отец», «предок» или «старший») и «хон» (от персидского «хан» — правитель, повелитель). Таким образом, имя Атохон можно истолковать как «почтенный отец» или «старший правитель». Такие составные имена были распространены у народов Средней Азии, Кавказа и Поволжья, особенно у татар, башкир, узбеков и таджиков.

Суффикс -ов (в мужском варианте) указывает на русскую модель фамилообразования, которая закрепилась за нерусскими основами в XIX–XX веках. Обычно так оформляли фамилии при переписях населения или при получении паспортов, когда к отцовскому имени добавляли стандартный русский суффикс принадлежности. Атохонова буквально значит «принадлежащая роду Атохона» — дочь или жена человека по имени Атохон.

Географически фамилия встречается в нескольких регионах. Наиболее частотна она среди осетин, особенно дигорской группы, где имя Атохон (или Атахон) — традиционное мужское имя с тем же корнем «ата» (отец). В осетинской среде фамилии на -он часто имеют патронимический характер, и Атохонов могло означать «потомок Атоха» (где Атох — краткая форма от Атохон). Второй ареал — Татарстан и Башкортостан, где фамилия фиксируется у татар и башкир, а также немногочисленные носители есть в Узбекистане и Таджикистане.

Интересная деталь: в осетинском языке ударение в фамилии падает на второй слог (Атóхонова), тогда как в тюркских вариантах — на третий (Атохóнова). Это различие может указывать на этническую принадлежность предков. Если носительница фамилии из Осетии, её предки, скорее всего, были горцами-дигорцами, у которых имя Атохон известно с XIX века. Если из Поволжья — предки могли быть торговцами или ремесленниками, принявшими русскую фамилию при паспортизации в начале XX века.

Фамилия редкая: в базах данных современной России насчитывается не более нескольких сотен носительниц. Встречаются варианты написания с буквой «а» в конце (Атохонова) — это единственно верная форма для женского рода, мужская — Атохонов. Известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что характерно для фамилий, образованных от личных имён, не ставших широко распространёнными.