Каждый армянин во время официальной церемонии крещения получал от священника крестильное имя, которое служило только одной цели — обеспечить человека личным именем. Основой фамилии Атомян послужило церковное имя Атом. Она образована от имени Атом, что в переводе означает «Божественный дух». Это были притяжательные прилагательные с суффиксами -ян, -ан, изначально указывающие на имя главы семейства. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Атом, со временем получил фамилию Атомян.