Фамилия Атогян — типичный пример армянской модели образования, где суффикс -ян (или его более старая форма -янц) указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка. В отличие от русских фамилий, где суффиксы -ов/-ев или -ин означают «чей?», армянский -ян переводится как «из семьи такого-то» или «потомок такого-то». Основа фамилии — личное имя или прозвище Ато.

Происхождение имени Ато спорно. Самая распространённая версия связывает его с армянским словом «ат» — «имя», «название», но в ономастике это маловероятно. Гораздо убедительнее выглядит гипотеза, что Ато — это сокращённая, обиходная форма от христианского имени Атанас (Афанасий), которое в армянской традиции могло звучать как Атанес или Ато. Усечение имён было распространено: Григор превращался в Григо, Степан — в Степо. Таким образом, Атогян дословно означает «потомок Ато», то есть человека, которого в быту звали сокращённо от Афанасия.

В армянских фамилиях редко можно точно определить сословие носителя — -ян встречается и у крестьян, и у ремесленников, и у духовенства. Однако географически фамилия Атогян более характерна для западных регионов исторической Армении, в частности для области Киликия или окрестностей Вана. В диаспоре, сформировавшейся после геноцида 1915 года, носители Атогян встречаются в Ливане, Сирии, а затем и в странах Европы и Америки. В современной России фамилия редкая, но есть в Краснодарском крае и Москве — в местах компактного проживания армянских общин.