Фамилия Атопкина принадлежит к группе так называемых «профессиональных» прозвищных фамилий, но с неожиданным поворотом. Основа здесь — слово «атопка», которое в южнорусских и украинских говорах означает нечто вроде «обмотка», «портянка» или «тряпка для ног». Прозвище Атопка мог получить человек, который либо занимался изготовлением такой обувной ветоши, либо, что вероятнее, носил настолько небрежные онучи, что они вечно разматывались и волочились следом. Такие прозвища давали не по ремеслу, а по характерной внешней детали — неопрятности или смешной походке.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Атопкин — сын или потомок Атопки. Форма женского рода Атопкина возникла, разумеется, как вариант по мужу или отцу, но в современном бытовании это просто паспортная запись. Важно отметить, что фамилия крайне редкая и имеет чёткую географическую привязку: большинство её носителей встречается в Тульской, Рязанской и Липецкой областях, а также на границе с Украиной. Это не случайно — именно в этих регионах слово «атопка» (или «отопка») было в ходу.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища, данные по бытовым предметам или действиям, закреплялись в документах. Иногда фамилию путают с однокоренной «Отопков» — это один и тот же корень, но с разной огласовкой: «о» вместо «а» под влиянием акающих говоров. Спорных версий здесь немного, и все они сводятся к тому, могло ли прозвище быть ироническим прозвищем бедняка, у которого «одни отопки на ногах». Это правдоподобнее, чем гипотетическая связь с тюркским «ат» (лошадь) — для такой версии нет ни фонетических, ни исторических оснований.