Фамилия Атопшева — женская форма мужской фамилии Атопшев, и её разбор стоит начать с самого необычного элемента: корня «атопш-». В русских фамилиях такой основы почти не встречается, и это почти наверняка указывает на иноязычное происхождение.

Скорее всего, фамилия восходит к одному из тюркских или кавказских языков. Например, в адыгских (черкесских) языках есть имя Атопш или Атопщ, которое могло быть личным прозвищем или именем. В таком случае основа могла означать что-то вроде «умеющий метко стрелять» или «воин» (от «ш/щ» — «стрелок» в некоторых диалектах). Другая версия — происхождение от тюркского «ат опш» (буквально «лошадь» + «целовать» — то есть «конелюб» или «коневод»), но она менее правдоподобна, так как подобные конструкции редко становились фамилиями.

Суффикс «-ев» (в женской форме «-ева») — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: Атопшев значит «сын Атопша». Это говорит о том, что фамилия была русифицирована, то есть адаптирована под русскую грамматику, скорее всего, при переписи населения или при переходе носителей в православие. Носители фамилии, вероятно, происходят из регионов, где плотно соприкасались русские, тюркские и кавказские народы — из Ставрополья, Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии или Астраханской области.

В отличие от фамилий на «-ов», которые часто образовывались от крестильных имён (Иван — Иванов), Атопшев стоит особняком: его основа — не церковное имя, а местное, родовое прозвище. Это значит, что предок носителя фамилии был заметным человеком в своей общине либо носителем редкого имени, которое потом закрепилось за родом.

Точных сведений о древности фамилии нет, но по модели образования (суффикс «-ев» вместо «-ов» после шипящего) она относится к достаточно поздним, массово закрепившимся в XVII–XIX веках. Встречаемость фамилии сегодня невысока, что делает её хорошим маркером конкретного родового гнезда — скорее всего, все Атопшевы в России связаны общим предком.