Фамилия Ауходеев — одна из тех, чью этимологию не разгадать без привлечения восточных языков. В русском языке нет корня «ауход-», поэтому искать напрямую прозвище или профессию бессмысленно. Перед нами типичный случай, когда фамилия хранит редкое личное имя, пришедшее из мусульманской традиции.

Наиболее убедительная версия связывает основу с арабским именем Аухад (Аухад ад-Дин — «единственный в вере»). У татар и башкир это имя давали мальчикам, но со временем оно вышло из активного употребления, сохранившись лишь в фамилиях. Модель образования стандартна: к тюркской основе, оканчивающейся на согласный, добавили русский патронимический суффикс -ев. Так «сын Аухада» превратился в Ауходеева. Вариант «Ауходеев» вместо ожидаемого «Аухадеев» — результат диалектной редукции гласных или особенностей записи при переписях, когда писарь фиксировал фамилию на слух.

Суффикс -ев, а не -ов, здесь не случаен. В фамилиях на -еев, образованных от тюркских основ, этот суффикс часто присоединяли к твердому финалю для благозвучия. Сравните параллельные формы: Ахметов и Ахметеев, Салихов и Салихеев. Ауходеев — аналогичный случай.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью, Уралу и Западной Сибири — регионам с татарским и башкирским населением. Встречается она крайне редко, что указывает на локальное происхождение: родоначальник, вероятно, был известен в пределах одного села или волости. Сословно предки Ауходеевых скорее всего относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к служилым татарам. Фамилия не дворянская и не купеческая.

Менее вероятная версия — искажение другой фамилии, например Оходеев или Ахудов, но документальных подтверждений этому нет. Ценность фамилии Ауходеев именно в том, что она сохранила редкое арабское имя, которое почти исчезло из живого употребления, но осталось в родовом прозвище.