Фамилия Аукина — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на принадлежность отцу (как в «Иванов сын»), а на происхождение от женского имени или прозвища. По модели образования это типичная «матримониальная» фамилия: её давали детям, чей отец был неизвестен или не играл роли в быту, либо по имени матери, если она была вдовой или главой дома. Поэтому, в отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ин, Аукина не отвечает на вопрос «чей сын?», а скорее говорит: «чей род?» — по материнской линии.

Основа фамилии — Аука. В русском языке это слово многозначно, и у этимологов есть несколько версий. Первая, самая образная: диалектное «аука» — так в северных говорах называли эхо или нечто невнятное, глухое. Прозвище Аука мог получить человек с громким голосом, любитель аукаться в лесу, либо, наоборот, рассеянный и медлительный, словно «откликающийся с опозданием». Вторая версия, более прозаичная: уменьшительная форма от крестильного имени Евдокия (в народе — Авдотья, Овдотья). Через чередование Авд- → Ауд- → Аук- вполне могло возникнуть имя Аука, от которого и пошла фамилия. Это объяснение кажется правдоподобным именно для «матримониальной» модели: если мать звали Авдотьей, а в быту — Аукой, то дети получали фамилию по ней. Третья, менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с прибалтийско-финским «aukko» (отверстие, проём). В зонах русско-карельского контакта такое прозвище могло означать «щель» или «прореха», то есть человека неряшливого или, напротив, того, кто живёт у лесной прогалины. Эта версия слабее, потому что не объясняет, почему фамилия пошла именно от женской формы.

Географически фамилия Аукина тяготеет к северо-западу России — Вологодская, Архангельская области, Карелия. Там же встречаются однокоренные фамилии Аукин, Ауков, а также более редкие Аукины. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян и мещан, то есть не были ни дворянами, ни крепостными. Это косвенно подтверждает «матримониальную» версию: в крестьянской среде, где женщина часто оставалась одна с детьми, фамилии по матери были не редкостью.

С точки зрения орфографии стоит отметить, что ударение в фамилии плавающее: в разных семьях говорят и А́укина, и Ау́кина, и даже Аукина́. Это характерно для фамилий на -ин, образованных от коротких основ, — единой нормы не сложилось. Если ваш предок был Аукой, он мог быть либо «лесным крикуном», либо сыном Авдотьи, которую в деревне звали ласково Аукой.