Фамилия Ауков — редкий пример, где основа не очевидна на слух. Привычнее звучат фамилии от имён на «а»: Абрамов, Алексеев, Анисимов. Ауков стоит в стороне. Если отбросить патронимический суффикс -ов, получим корень «Аук». Что он значит?

Самая прямая версия — прозвище от глагола «аукать» или существительного «ау». На Руси «аукать» значило перекликаться в лесу, подавать голос. Человек, который громко или часто аукал, мог получить прозвище Аук. Такие прозвища по поведению — обычная практика: были Крики, Шумы, Гуки. Ауков — потомок того, кого прозвали за манеру подавать голос или за работу, связанную с лесом (охотник, бортник, лесоруб).

Вторая версия — от календарного имени. В святцах есть редкое имя Аввакум (в переводе с древнееврейского — «обнимающий»). В народной речи его сокращали до Авваку́шка, Абаку́м, а в некоторых говорах — до Аука. От этой формы и пошла фамилия Ауков. Это объясняет, почему фамилия не получила массового распространения: имя Аввакум было нечастым, а его просторечная форма Аука — и вовсе локальной.

Третья, менее вероятная гипотеза — тюркское происхождение. У башкир и татар встречается имя Аук (вариант Авык, Ауык), означающее «здоровый», «крепкий». Но для русской фамилии с суффиксом -ов это скорее исключение, чем правило, и в центральных областях России такой корень не фиксируется.

Фамилия Ауков встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. Немногочисленные носители живут в Поволжье и на Урале — регионах, где староверы сохраняли древние имена (Аввакум) и где лесной промысел был основным занятием. Обе версии — и прозвищная, и именная — ведут в одну сторону: предок Ауковых был либо человеком с громким голосом в лесу, либо носителем редкого церковного имени, перекроенного на русский лад.