Фамилия Аужанов — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому корню «ауж» или «ауыж», который в казахском и башкирском языках означает «голод» или, в переносном смысле, «голодный год». Прозвище Аужан могли дать человеку, родившемуся в неурожайный, тяжёлый период, либо тому, кто отличался худобой и постоянным чувством голода. Суффикс -ан в тюркских именах и прозвищах нередко образует названия по характерному признаку или состоянию: Аужан — «голодный», «тот, кто голодал».

Русский суффикс -ов, добавленный к основе, — стандартный способ русификации фамилий в среде татар, башкир, казахов, принявших православие или попавших в русскую административную систему. Это типичная «русская» фамилия у народов Поволжья и Урала. Встретить Аужановых можно преимущественно в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане. В самой фамилии нет ни дворянского суффикса -ский, ни крестьянского -их/-ых — это модель, характерная для служилых татар, казаков и крещёных инородцев, которые получали фамилии по отцу или прозвищу.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с арабским именем Аужа (или Ауджа), что значит «прибежище» или «убежище». Однако в тюркской среде такое имя встречается редко, а прозвище по голоду — куда более бытовая и объяснимая причина для возникновения фамилии. В любом случае, носитель фамилии Аужанов может с высокой долей уверенности считать своими предками тюркоязычных жителей Южного Урала или Западного Казахстана, чья фамилия закрепилась в XIX веке при переписях или переходе в православие.