Фамилия Авдиковский ведет происхождение от народной формы мужского имени Авдей (канонический вариант — Авдий). В переводе с иврита это имя означает «служащий Богу». Основа Авдик — это та самая обиходная, разговорная форма, которую в быту использовали вместо полного церковного имени. Именно от этого прозвищного варианта и пошла фамилия.

Главная особенность Авдиковского — в его суффиксе. Окончание -ский указывает на географическую или дворянскую модель образования фамилий, распространенную в Польше, на Украине и в Белоруссии. В отличие от простых русских фамилий на -ов (Авдиков), форма на -ский часто закреплялась за переселенцами или выходцами из определенной местности, а также за теми, кто приписывался к шляхетскому сословию. Скорее всего, предок носителя этой фамилии переехал на территории современной Украины или Белоруссии, где к основе Авдик и добавили типичный для тех мест суффикс -ский. Так из Авдика получился Авдиковский — человек, связанный с родом или местом Авдика.

Таким образом, фамилия двуслойная: корень уходит в древнееврейское имя со значением «служитель Бога», а окончание закрепилось уже в восточнославянских землях, придав фамилии характерный польско-украинский оттенок.