Фамилия Авдонченко — типичный пример украинской фамилии, созданной по патронимической модели. Её основа — крестильное имя Авдон (церковная форма Авдий, древнееврейское «слуга Божий»), которое в народной среде приобрело суффикс -енко. Этот суффикс в Украине означал «сын» или «потомок», так что Авдонченко буквально — «сын Авдона». Подобные фамилии массово закрепились в Левобережной Украине, особенно на Полтавщине и Черниговщине, в XVI–XVII веках.

Имя Авдон встречается в святцах и было известно на Руси, но редко. В народе его могли путать с более распространённым Авдей, поэтому фамилии Авдеенко и Авдонченко звучат родственно. Интересно, что форма с -н- встречается и в белорусском варианте — Авдончик.

В России фамилия Авдонченко встречается спорадически, чаще всего среди потомков переселенцев с Украины. В дореволюционных переписях её фиксировали в Харьковской и Екатеринославской губерниях. Социально носители относились к казачеству или крестьянству — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла через усечение: от полного имени Авдон + суффикс -енко. Если бы форма была полной, получилось бы Авдонович — но украинская модель предпочла короткий вариант. Встречаются также написания Авдонченко и Авдонченко (через ё), но это уже следы орфографической нестабильности XIX века.

Сегодня фамилия редкая, не входит даже в сотни самых частых украинских фамилий. Поиск по базам показывает, что большинство носителей живут в Днепропетровской и Запорожской областях, а также в Краснодарском крае России.