Фамилия Авдонченкова — женская форма от Авдонченков, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени Авдонченко. В основе лежит каноническое крестильное имя Авдон (церковное Авдий), которое в русской традиции получило уменьшительно-ласкательный суффикс -к(о), характерный для украинских и южнорусских говоров: Авдон → Авдонько → Авдонченко. Модель с суффиксом -енко (буквально «маленький», «сын») типична для восточнославянских фамилий, особенно украинских и белорусских, где она обозначала потомка по отцу.

Имя Авдон имеет древнееврейское происхождение (от «эвед» — слуга, раб) и встречается в Библии: так звали одного из судей Израилевых. На Русь имя попало через православные святцы, но широкого распространения не получило, оставаясь редким. Соответственно, фамилия Авдонченков (и её женская форма) тоже относится к числу нечастых. Носители могли быть выходцами с территорий современной Украины или юга России, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий.

Форма Авдонченкова фиксирует принадлежность к роду через женскую линию (дочь или жена Авдонченко). В быту такая фамилия могла передаваться по наследству и детям, если отец носил прозвание Авдонченко, но в документах женщину записывали с окончанием -а. С точки зрения словообразования, это типичный случай, когда отчество или прозвище отца становилось фамилией для всей семьи.

Спорных версий происхождения немного: некоторые исследователи допускают связь с диалектным словом «авдоня» (неповоротливый, медлительный человек) или с тюркским «авдон» (охотник), но эти гипотезы слабее, так как не учитывают устойчивую связь фамилии с христианским именем, зафиксированным в святцах. Правдоподобнее всего библейский корень, адаптированный через уменьшительную форму.

Встречаемость фамилии крайне низкая — по данным современных телефонных справочников и баз, основные носители сосредоточены в Белгородской и Воронежской областях, что подтверждает её южнорусское происхождение.