Фамилия Авдоненков — редкий пример того, как библейское имя, пройдя через народную обработку, закрепилось в виде, необычном для привычного уха. В основе лежит имя Авдоня — просторечная, «домашняя» форма канонического имени Авдий. В русской крестьянской среде имена на -ий (Авдий, Захарий, Игнатий) часто укорачивали до форм с окончанием -я: так Авдий превращался в Авдоню. Само имя Авдий — древнееврейского происхождения, означает «слуга Бога» или «раб Яхве». Оно есть в православных святцах, но широкого распространения в народе не получило, поэтому и фамилии от него встречаются нечасто.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русского уха, но типичная для западнорусских земель. Цепочка выглядит так: Авдоня → Авдоненок (сын Авдони) → Авдоненков. Суффикс -енк- в основе указывает на «малого» или «сына» — такая модель характерна для Смоленщины, Псковщины, Брянщины, где украинский и белорусский суффикс -енко позже адаптировали под московскую норму, добавив окончание -ов. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, звался Авдоненком, а при переписи или переезде в центральные губернии фамилию «обрусили» до привычного вида.

В отличие от более частых Авдеевых или Авдюшиных, фамилия Авдоненков сохранила редкую переходную форму. Есть и альтернативная версия: напрямую от прозвища Авдон, если человека так называли за мрачный или замкнутый нрав (от диалектного глагола «авдонить» — дуться, хмуриться). Но эта гипотеза слабее: имя Авдий давало готовую, естественную основу, и притягивать прозвищное объяснение без веских оснований не стоит.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Беларуси. Наибольшая плотность носителей фиксируется в Брянской и Смоленской областях, а также в Могилёвской области Беларуси. Встречаемость низкая — фамилия не попала в массовые списки дворянства или купечества. Её носителями были преимущественно крестьяне и мещане, жившие на границе великорусских и белорусских земель. Сословной истории у Авдоненковых нет: это фамилия простого человека, чей предок носил редкое церковное имя, и единственная её ценность — в сохранении живого следа народной речи.