Фамилия Авдоев — редкий случай, где на стыке тюркского и славянского языкового миров возникла фамилия, которую почти наверняка носили русские люди. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому имени Авдой (вариант Авдей, Абдой), которое в свою очередь происходит от арабского «абд» — «раб» (в контексте «раб Божий»). Но это не прямое заимствование: имя Авдей было вполне в ходу у православных народов, особенно в южнорусских и казачьих областях. Так что Авдоев — это русский патроним на -ев, образованный от формы Авдой или Авдей, но с тюркской огласовкой.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Авдоев буквально означал «сын Авдоя». В русской традиции фамилии на -ев обычно появлялись от имён и прозвищ, оканчивающихся на -й или мягкий согласный. Здесь мы видим именно такой случай: основа на -ой дала закономерное -оев, а не -аев. Это отличает фамилию от более частых Авдеевых (от канонического Авдей) и подсказывает, что предок носителя звался не Авдей, а именно Авдой — формой, характерной для донских казаков или переселенцев из южных губерний.

Географически Авдоевы встречаются в основном в Ростовской области, в Краснодарском крае и на Украине — то есть в зоне активного русско-тюркского пограничья. Там имя Авдой могло быть не просто уменьшительным от Авдей, а самостоятельным прозвищем, возможно, с оттенком «смиренный» или «богомольный», что в казачьей среде не было редкостью. Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с осетинским словом «авд» — «семь», но это даёт натянутую этимологию (Авдой как «семерик»), и её поддерживают лишь единичные источники. Правдоподобнее считать Авдоевых потомками человека по имени Авдой, который жил в XVI–XVII веках на южных рубежах России.

Социальный состав носителей фамилии неоднороден: среди Авдоевых встречались и крестьяне, и казаки, и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних патронимов, сложившихся уже после отмены местничества. Сегодня фамилия остаётся редкой — её носителей в России не более пары тысяч, и почти все они сосредоточены в тех же регионах, где фамилия возникла несколько веков назад.