Фамилия Авдоньев — редкая, и её происхождение напрямую связано с крестильным именем Авдоний. Это одна из народных, просторечных форм канонического имени Авдон (в церковном календаре — святой мученик Авдон, живший в III веке). В русской традиции имена часто адаптировали под более привычное звучание: к основе добавляли суффикс -ий, и Авдон превращался в Авдония, а затем в уменьшительное Авдоня. От этого бытового имени и пошла фамилия.

Модель образования типична для великорусских фамилий: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей потомок?»). Авдоньев буквально означает «сын Авдония» или «потомок Авдони». Важно не путать с похожей фамилией Авдеев — та происходит от имени Авдей (церковное Авдий), а Авдоньев — от более редкого Авдон. Разница в корне принципиальна, хотя на слух фамилии созвучны.

Скорее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или посадскими людьми из центральных или южнорусских губерний. Имя Авдон (Авдоний) никогда не было распространённым в среде дворянства и духовенства, где придерживались строгих канонических форм. В простонародье же, где имя звучало привычно и легко, оно встречалось, хоть и не часто. Поэтому Авдоньевы — это потомки тех, кого в быту звали Авдоней или Авдошой. В современных справочниках фамилия встречается редко, что делает её интересным объектом для семейного историка.