От этого имени было образовано множество разговорных форм, одна из которых — Авдонька — и легла в основу данной фамилии. Библейское имя Авдий имеет древнееврейское происхождение и в переводе с иврита означает «служащий Богу». Скорее всего, основатель рода Авдонькиных был выходцем из рабочей или крестьянской семьи. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Авдонька, со временем получил фамилию Авдонькин.