Фамилия Авдонькина — это классический пример русской «полуотчества» на -ин, образованного от имени Авдонька. Вопреки возможному впечатлению, это не женский вариант фамилии, а форма, закрепившаяся за потомком: «чей?» — Авдонькин, а в женском роде — Авдонькина. Основа здесь — уменьшительно-ласкательная форма канонического крестильного имени Авдей (церковнославянская форма — Авдий). Имя это древнееврейское, означает «служащий Богу». В библейской традиции Авдий — один из 12 малых пророков, живший, по преданию, во времена вавилонского царя Навуходоносора; его книга направлена против идумеян и содержит пророчество о гибели Иудеи.

Суффикс -к- в имени Авдонька (от Авдей → Авдоня → Авдонька) типичен для простонародной, бытовой речи XVIII–XIX веков. Такие формы были распространены в крестьянской и мещанской среде: имя сокращали до одного-двух слогов и добавляли ласкательный или фамильярный суффикс. Соответственно, носитель фамилии Авдонькин — потомок человека, которого в обиходе звали не полным именем Авдей, а домашним Авдонька. Социальный контекст подсказывает, что основатель рода, скорее всего, принадлежал к рабочей или крестьянской семье: дворянские фамилии чаще образовывались от полных форм имён или от прозвищ, а не от таких обиходных уменьшительных.

Любопытно, что фамилия Авдонькина встречается нечасто и географически тяготеет к центральным и южным регионам России, где имя Авдей было особенно популярно. В отличие от более распространённых однокоренных фамилий — Авдеев, Авдюшин, Авдюков — форма с суффиксом -оньк- сохранила именно тот звуковой облик, который бытовал в живой речи.