Фамилия Авдонкины — один из примеров того, как в русском языке имя, данное при крещении, со временем превратилось в наследственное родовое прозвание. Основа здесь — каноническое имя Авдий. В переводе с древнееврейского оно означает «слуга Божий», и в православных святцах это имя носит один из двенадцати малых пророков Ветхого Завета.

В народной, бытовой речи полное церковное имя Авдий сократили до ласковой формы Авдонка. Такое усечение — типичный приём для русской ономастики: суффикс -к- придавал имени уменьшительно-обиходный оттенок. От этой формы с помощью патронимического суффикса -ин и образовали фамилию Авдонкин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Авдонкин», то есть сын, потомок Авдонки.

По словообразовательной модели фамилия Авдонкины стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Фомин, Савкин или Васькин. Все они возникли от обиходных вариантов крестильных имён. Если бы основой послужила полная форма, фамилия звучала бы как Авдиев.

Точное время и место возникновения фамилии Авдонкины установить сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и шёл неравномерно в разных сословиях и регионах. Можно лишь предположить, что предки Авдонкиных жили на территориях, где имя Авдий было в ходу, — например, в южнорусских или поволжских землях, где старообрядческая и крестьянская среда дольше сохраняла редкие библейские имена.

С точки зрения социального контекста, фамилия Авдонкины, скорее всего, крестьянская или мещанская: патронимы на -ин в массе своей закрепились именно в низших сословиях, у дворян преобладали фамилии на -ов/-ев и -ский. Таким образом, за простым на первый взгляд прозванием стоит и библейская древность, и живая народная языковая традиция.