Фамилия Авдонькины — один из ярких примеров того, как полное церковное имя превращалось в обиходное, а затем закреплялось в родовом прозвании. В её основе лежит имя Авдей (каноническая форма — Авдий), которое пришло из древнееврейского языка и означает «служащий Богу». На русской почве это имя обросло множеством уменьшительных форм, и одна из них — Авдонька — стала непосредственным источником фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Авдонькин буквально значит «сын Авдоньки» или «человек из дома Авдоньки». Такая модель (основа на -а/-я + -ин) типична для северных и центральных областей России, где фамилии часто закреплялись не по отцу, а по главе семьи в его обиходном именовании. Это отличает Авдонькиных, например, от Авдеевых (форма на -ев от полного имени Авдей) — однокоренных, но образованных иначе.

Судя по словообразованию, предки Авдонькиных были людьми простого сословия: крестьянами или ремесленниками. Фамилии на -ин у крестьян закрепились позже, чем у дворян, в основном в XVII–XIX веках, когда потребовалось учитывать всё население для налогов и рекрутской повинности. Поэтому точную дату и место появления фамилии назвать трудно — процесс шёл десятилетиями и в разных губерниях по-своему.

В написании Авдонькиных (с мягким знаком и окончанием -ы) прослеживается ещё одна деталь: форма множественного числа. Такое окончание характерно для фамилий, которые в быту употребляли как обозначение всей семьи или рода («дом Авдонькиных»). Со временем эта форма закрепилась в документах как основная, что нередко встречается в русских фамилиях, особенно на севере и в Сибири.