Фамилия Авдонкин — из числа тех, что образованы от уменьшительной формы крестильного имени. В основе лежит имя Авдий, которое пришло на Русь из церковного календаря. В переводе с древнееврейского оно означает «слуга Божий» или «раб Господа» — значение, типичное для библейских имён, подчёркивающих смирение и служение.

Имя Авдий не было широко распространено, но давало несколько разговорных вариантов: Авдя, Авдюня, Авдоня. От последнего и пошла форма Авдонка — ласковое обращение к ребёнку или взрослому в быту. Суффикс -к- здесь не пренебрежительный, а уменьшительный, как в именах Ванька, Митька, Петька. Позже к этому прозвищу добавился типичный русский фамильный суффикс -ин, означающий принадлежность: «чей?» — Авдонкин, то есть сын или потомок Авдонки.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: мужское имя на -а даёт фамилию на -ин. Таких фамилий в России много: Ильин, Фомин, Кузьмин. Авдонкин — редкий вариант, потому что исходное имя Авдий встречалось нечасто, а его уменьшительная форма Авдонка и вовсе была локальной.

В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от имён и прозвищ на твёрдый согласный (Авдеев — от Авдей), Авдонкин сохранил более тесную связь с конкретным человеком по имени Авдонка. Если бы фамилия образовалась напрямую от полного церковного имени, мы бы имели Авдиев или Авдеев. Но форма Авдонкин — верный признак того, что предка в быту звали именно так, по-домашнему.

По географии фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Авдий и его производные встречались чаще. Встречаются единичные записи в старых метрических книгах Курской, Воронежской и Тамбовской губерний. Сведений о дворянском происхождении нет: скорее всего, Авдонкины — крестьянский или мещанский род.

Таким образом, значение фамилии простое и прямое: «потомок Авдонки», а Авдонка — это домашнее, сокращённое имя от библейского Авдий, «слуга Божий».